2025年|ECサイト運営代行業者おすすめ16選、費用相場や最低契約期間一覧

お問い合わせ：https://idiom-inc.co.jp/

 

4、ジャグー株式会社

 

ジャグー株式会社は、主に楽天市場・Yahoo!ショッピング・Amazonに向け、ECサイトの立ち上げから販売・運営まで一気通貫で支援するEC運営代行会社です。業務範囲は販売戦略設定から、運用、受注・出荷対応、カスタマーサポートなど多岐にわたり、EC事業者の負担を大幅に軽減する体制を整えています。

実績として、楽天SOYを受賞し、Yahoo!ベストストア受賞数が国内最大級であり、売上拡大、利益改善、継続的な成長を重視したサポートを提供します。独自のノウハウ資料を無料で配信中。

お問い合わせは：https://jagoo.co.jp/

 

5、株式会社pureflat

株式会社pureflatは、ECサイト運営代行とコンサルティングを一気通貫で提供する総合支援パートナーです。Amazon、楽天市場、Yahoo!ショッピング、Qoo10といった主要モールはもちろん、自社ECサイトにも対応。集客からサイト構築・運営までをワンストップで支援し、多言語対応によるグローバル展開もサポートできるのが特徴です。

サービス領域は、ECサイト制作・更新、商品登録・発送代行、顧客対応、メルマガ制作・配信、広告運用、SNS運用、バナーやLP制作、コンサルティングまで幅広くカバー。さらに、商品ページ作成やイベント施策など売上拡大に直結する取り組みも手掛け、事業者の成長を総合的に後押しします。
 

お問い合わせは：https://pureflat.co.jp/

 

6、株式会社GROOVE

 

株式会社GROOVEは、メーカー創業のD2C専門コンサルティング会社です。EC全体戦略からマーケティング支援までワンストップで対応し、Amazonを中心に楽天や各種EC・メディアチャネルでの販売を総合的にサポート。市場調査・広告運用・商品企画・データ分析など、売上拡大に直結する幅広い業務をカバーし、とりわけAmazon運営代行や内製化支援に強みを持っています。

代表は元Amazon社員で、豊富な知見を基に実践的なコンサルティングを展開。セミナーやブログ発信に加え、フォロワー5万人を超えるYouTubeチャンネルを通じて最新のECノウハウを共有しています。多数のベストセラーを生み出した実績を誇り、Amazon AdsパートナーおよびAmazon SPNにも認定。信頼性・実績・革新性を兼ね備えた、ECセラーにとって心強い伴走型パートナーです。

お問い合わせは：https://grooveinc.jp/

 

7、株式会社いつも

 

株式会社いつもは、楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・自社EC・SNS×ECといった幅広い領域をカバーし、ECセラーの売上アップを支援する会社です。コスメ・日用品・食品・アパレル・ヘルスケアなど多様な業種で実績を積み上げ、累計契約案件数は14,000件を突破。

サービスは、コンサルティングからプロモーション、SNS企画、サイト制作・運用、物流代行、海外販売、人材育成までワンストップで提供。売上改善やリソース不足などの課題解決に加え、セミナーやブログを通じて最新のECノウハウを継続的に発信し、信頼性の高いパートナーです。

お問い合わせは：https://itsumo365.co.jp/
 

 

8、NE株式会社

 

NE株式会社は、ECサイト・ネットショップ向けに、豊富なデータとノウハウを活かしたECコンサルティングおよび運営代行サービスを提供しています。業界専門メディア「ECのミカタ」のEC業界相関図に4年連続掲載され、さらにEC支援企業BEST100ではECコンサル部門を受賞するなど、その実績と専門性が高く評価されています。

サービス領域は幅広く、TikTok Shop運営支援、商品ページ制作、商品登録代行、RPP広告運用、Amazon広告運用、楽天SEO対策など、EC運営に必要な業務を網羅。事業者の課題に合わせて、売上拡大と効率的な運営を実現する総合的なサポートを行っています。
 

お問い合わせは：https://consulting.ne-inc.jp/
 

 

9、FORCE-R 株式会社

 

FORCE-R 株式会社は、自社ECや楽天・Amazonなど特定のECモールに課題を抱える事業者向けに、売上改善やリソース不足、特定施策の課題解決をサポートしていきます。業務範囲は、ECサイトやモールのSEOコンサルティング、SNSや広告運用、ECサイト制作、消費者口コミ分析など幅広く支援しています。

強みは調査モニターを活用し消費者の声を施策に反映できるという点です。また、サイト内では、最新のECニュース、動画や50万人のモニターを活用した消費者目線の数値測定調査レポートも発信しております。
 

お問い合わせは：https://force-r.co.jp/
 

 

10、株式会社 a general studio

 

株式会社 a general studio（AGS）は、楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・Shopifyをはじめとするモールと自社EC運営を一気通貫で支援するECマーケティング企業です。商品ページ最適化やSEO対策はもちろん、SNSを活用した集客・プロモーション、さらにモール別の広告の効果的な活用まで幅広く対応し、売上向上とブランド価値の最大化を実現します。

特に広告運用においては「一律のマージンモデル」を廃止し、成果報酬型、コンサル型、固定費型など柔軟な費用を設計します。初期投資を抑えたい企業から安定した運営を求める企業まで、お客様の希望に合わせて柔軟に対応可能です。agsは単なる運用代行ではなく、細かな効果検証とデータに基づく改善を重ねることで、無駄なコストを削減しつつ、お客様にとって本来の目的である「利益拡大」を着実に支援するパートナーであり続けます。
 

お問い合わせは：https://ageneralstudio.com/

 

11、ネットショップ総研

 

ネットショップ総研は、サイトに特化した運営代行・コンサルティング会社です。戦略や運営時間、人員が不足している店舗に対し、売上向上の最短ルートを分析・研究し、ノウハウのない事業者にも効果的なECコンサルティングを提供します。

具体的な業務範囲は、商品企画立案、価格設定、販促手法の提案、SEO対策を含む商品ページ制作・更新、在庫管理や受注処理、顧客対応、さらに卸拡販サポートまで幅広く対応。また、人材育成にも注力しており、現場での出張指導研修やEC人材研修サービスも展開しております。
 

お問い合わせ：https://www.zonexpert.co.jp/
 

 

12、株式会社サイバーレコード

 

株式会社サイバーレコードは、Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピング・自社ECサイトなどに対応し、EC運営全般を支援する企業です。戦略的な販売計画の立案から出店準備、店舗の運営、広告運用、データ分析、物流管理まで一気通貫でサポートし、クライアントの長期的な成長を後押しします。さらに、越境ECの運営代行にも国内製品の海外市場進出や販路開拓をサポートしております。

加えて、自治体向けにふるさと納税関連の運営代行にも注力しており、ECと地域活性化の両面から価値を創出するパートナーとして活躍しています。
 

お問い合わせ：https://www.cyber-records.co.jp/

二、モール特化型(Amazon対応)

特定のモールに強みを持つ代行会社を指します。例：楽天市場専門の運営代行、Amazon専門のコンサル・代行など。各モールの独自ルールやアルゴリズムに精通しているため、売上最大化に有利です。

 

1、アグザルファ株式会社

 

アグザルファ株式会社は、国内Amazonだけでなく、海外Amazonの運営サポートも提供するEC運営代行・コンサルティング会社です。Amazon内のSEO対策、商品ページ最適化、新規商品登録、競合分析による差別化、売上分析、効果測定、販促施策、広告運用までAmazon運営に必要な業務をトータルでサポートします。特徴は、元Amazon社員さんが設立した会社なので、Amazonを中心にして豊富な実績を持って代行サービスを展開していきます。

2011年にコンサルティング事業を開始し、Amazon内での優れた成果が評価され、優れた実績を背景に、クライアントが安心して売上向上施策や広告運用を任せることができ、効率的な事業拡大を実現していきます。

お問い合わせは：https://www.axalpha.com/

 

2、株式会社そばに

 

株式会社そばには、Amazonに特化したコンサルティング会社です。10年間にわたり培った独自のメソッドをもとに、Amazonセラーの売上拡大を支援してきました。アカウント運用代行、広告運用、商品ページ制作、越境販売など、Amazon販売に必要な業務を幅広くカバーし、Amazon AdsパートナーおよびAmazon SPNの公式認定も取得しています。

さらに、公式ブログでは最新のAmazonアルゴリズム変更への対応策や、実際の運営経験に基づく最適化事例、売上を伸ばすための実用的なノウハウを継続的に発信しています。こうした知見共有の積み重ねこそ、そばにの高い専門性と信頼性を裏付けています。
 

お問い合わせは：https://sobani.co.jp/
 

 

3、株式会社しるし

 

株式会社しるしは、Amazonに特化したコンサルティング会社です。ブランドの信頼できるパートナーとして、ECモールにおける目標設定から戦略設計、実行までを一気通貫で支援。業務範囲はAmazon戦略設計、商品ページ改善、レビュー管理、広告運用（Amazon DSP）、転売対策など幅広くカバーしており、持続的な成長と売上拡大をサポートしていきます。
 

特徴として、相乗り出品や転売といった判断が難しい課題にも最適なアドバイスを提供でき、必要に応じて訴訟対策までも対応可能です。Amazon AdsパートナーおよびAmazonパートナー・エージェンシープログラムの認定を受けており、実績に基づく専門的なノウハウでリソース不足に悩む企業に対しても提案から実行まで伴走する代行会社です。

お問い合わせは：https://shirushi.co.jp/

 

4、アマプースト

 

アマプーストは、Amazonに特化した運営支援会社で、SEO対策や商品ページ最適化、新規商品登録、競合分析・差別化、販売戦略の立案、売上分析、さらにはアカウント凍結対策まで幅広い業務をサポート。Amazon内で売れる商品画像の撮影・加工も代行し、ビジュアル面から販売力を強化します。さらに、1社様につき3名体制以上で運用代行を行うのが特徴です。

また、「Amazonパートナー・エージェンシー Goldパートナー」や「Amazon SPN公認サービスプロバイダー」の認定を受けており、確かな専門性と信頼性を兼ね備えています。これまでに300社以上の売上拡大を実現してきた実績を持ち、成果報酬型の料金体系を採用することで、無駄なコストをかけずに成果に直結するサポートを提供します。

お問い合わせ：https://www.zonexpert.co.jp/

6、代行以外の選択肢：ツール活用

ECサイト運営を効率化する方法は、外部に委託する「運営代行」だけではありません。もう一つの有力な手段が、自社で「ツール」を活用して運営を最適化していく方法でもあります。

近年は、商品リサーチ、在庫管理、SEO対策、広告運用、レビュー分析など、EC事業者の課題を解決するSaaS型のツールが数多く登場していますが、これらを導入することで、”感覚”ではなくデータに基づいた判断ができて、少人数のチームでも効率的に作業できます。

セラースプライトというAmazonセラー向けに特化したリサーチ＆分析ツールは多くの日本の方に利用されています。現時点では（執筆時点：2025年9月）、全世界で150万人の登録者を突破しました。
 

セラースプライトができること：

- キーワードの検索需要や競合状況を数値で把握できる
- データに基づいて効果的な商品タイトルや広告戦略を立案できる
- 売れる商品を効率的にリサーチ・選定できる
- ライバル商品の売上推移やレビュー動向を追跡できる
- 競合分析を通じて差別化ポイントを簡単に発見できる
- 在庫変動やランキング推移をモニタリングし、販売機会の損失を防げる
- 市場参入の難易度をデータに基づいて判断できる
 

このように、ツールを活用するメリットは多い：

- コスト効率：低コストで導入でき、日々の運営作業を効率的に進められる
- 自社ノウハウの蓄積：データを直接扱いながら分析・改善を繰り返すことで、社内に知識や経験が積み重なる。
- スピード感：リアルタイムで市場や競合の情報を把握し、素早く施策を打てる。

EC運営にはツールと代行の両方に役割があります。代行業者は専門チームによる実務代行や戦略立案で安心感をもたらし、リソース不足の会社にとって大きな支えとなれます。一方で、セラースプライトのようなツールは、データに基づいた判断を可能にし、スピードとコスト効率、そして自社にノウハウを蓄積できるという点で優位性も持っています。

だからこそ、代行を上手に取り入れながらも、ツールを積極的に活用することが、これからのEC運営において成果を最大化する最適なアプローチとなるだろう。